1 marca 2017 roku weszła w życie ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej.
Wniosła ona ogromną ilość zmian w funkcjonowaniu aparatu skarbowego państwa. Dla podatników ogromne znaczenie przyniosły zmiany dotyczące kontroli. Wcześniej prowadzone przez Dyrektorów Urzędów Kontroli Skarbowej postępowania kontrolne zostały nową ustawą zamienione na kontrole celno-skarbowe prowadzone przez Naczelników urzędów celno-skarbowych.
Do najważniejszych zmian należą:
- Wszczęcie kontroli może nastąpić bez uprzedzenia, czyli nie ma zastosowania zasada, zgodnie z którą powinno się zawiadomić kontrolowanego z zamiarze wszczęcia kontroli co najmniej z siedmiodniowym wyprzedzeniem,
- Jeżeli kontrola dotyczy przestrzegania prawa podatkowego, kontrolowanemu przysługiwać będzie w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej uprawnienie do skorygowania deklaracji w zakresie objętym tą kontrolą. Korekta deklaracji złożona po upływie tego terminu, a przed zakończeniem kontroli celno-skarbowej nie wywołuje skutków prawnych.
- W terminie 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli kontrolowany może skorygować w zakresie objętym kontrolą celno-skarbową uprzednio złożoną deklarację podatkową.
- Czynności kontrolne mogą być wykonywane w urzędzie celno-skarbowym, w siedzibie kontrolowanego, w miejscu prowadzenia lub przechowywania ksiąg podatkowych oraz w każdym innym miejscu związanym z prowadzoną przez kontrolowanego działalnością, w tym w lokalu mieszkalnym lub w miejscach, w których mogą się znajdować urządzenia, towary lub dokumenty dotyczące tych urządzeń, towarów lub czynności podlegających kontroli. Czynności kontrolne mogą być również wykonywane w innych urzędach obsługujących organy KAS.
- Kontrolujący mają uprawnienie między innymi przeszukiwania lokali, w tym lokali mieszkalnych, innych pomieszczeń i miejsc oraz rzeczy, w tym z użyciem urządzeń technicznych i psów służbowych,
- Przesłuchanie kontrolowanego lub świadka może nastąpić przy użyciu urządzeń technicznych umożliwiających przeprowadzenie tej czynności na odległość z jednoczesnym bezpośrednim przekazem obrazu i dźwięku.
- W przypadku stwierdzenia podczas kontroli celno-skarbowej nieprawidłowości w zakresie przestrzegania prawa podatkowego, zakończona kontrola celno-skarbowa kończy się wynikiem kontroli a następnie przekształca się w postępowanie podatkowe, jeżeli kontrolowany nie złożył skutecznie korekty deklaracji albo organ nie uwzględnił złożonej korekty deklaracji.
- Do kontroli celno-skarbowej nie stosuje się przepisów dotyczących kontroli działalności gospodarczej przedsiębiorcy zawartych w Rozdziale 5 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej.
- Naczelnik urzędu celno-skarbowego, który sporządził wynik kontroli celno-skarbowej, jest właściwy do przeprowadzenia postępowania podatkowego i wydania decyzji. Od decyzji takiej stronie przysługuje odwołanie do naczelnika urzędu celno-skarbowego, który wydał decyzję.